options(warn=-1)Вместо -1 может быть любое отрицательное число, и всё равно предупреждения отключатся. Важно потом не забыть вернуться к прежним настройкам. Я привык работать по разумной схеме.
old.opt <- options() # сохраняем старые настройки
options(warn=-1) # отключаем вывод предупреждений
... # тут находится код, работающий без вывода предупреждений
options(old.op) # возвращаемся к прежним настройкам
